通过生物信息学分析探索骨关节炎中潜在的miRNA-mRNA信号分子途径  

作　　者：张然 武义钞 郭泽皓 胡勇[1] 

机构地区：[1]安徽医科大学第一附属医院,安徽合肥230032 [2]安徽医科大学第四附属医院,安徽合肥230022

出　　处：《中文科技期刊数据库(文摘版)医药卫生》2022年第2期020-032,共13页

摘　　要：对miRNA-mRNA在OA组织中的调控网络进行全面的探索。方法:从GEO数据库中下载微阵列数据集GSE74209、GSE79258和GSE105027,使用GEO2R工具分析识别OA和正常组织之间的差异表达的miRNAs(Differentially expressed miRNAs ,DEMs)。筛选出三个数据集中一致变化的miRNAs作为候选DEMs。通过FunRich和miRNet分别预测候选DEMs的潜在下游靶基因。利用DAVID在线数据库对目的基因进行基因本体论(GO)注释分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络和DEM-Hub基因网络。最后利用GSE48556对筛选的Top18 枢纽基因(Hub基因)表达进行评价。结果:在上述三个数据集中共筛选出6个下调的DEMs,并预测了1084个下游靶基因。通过构建DEM-Hub基因网络,发现大部分枢纽基因可能受到miR-574-5p、miR-4458、miR-3158-5p和miR-3149的调控。在前18个枢纽基因中,RBCK1、SKP1A、FBXL20、UBE2D4和UBE2E3的表达与GSE48556数据集一致。结论:本研究首次在OA组织中探索了一个潜在的miRNA-mRNA信号分子通路,为OA的发病机制和治疗提供了新的思路。

关 键 词：MICRORNAS (miRNAs) 骨关节炎(OA) 生物信息学分析 miRNA-mRNA 

分 类 号：R684.3[医药卫生—骨科学]