基于exoRBase2.0冠心病患者血液外泌体竞争性内源RNA网络的构建  

作　　者：蒋孝海 朱倩虹 丁佳宁 陈赞豪 王崇宇 

机构地区：[1]南通大学杏林学院医学部,江苏南通226007 [2]宜兴市人民医院急诊科,江苏宜兴214200

出　　处：《中文科技期刊数据库（引文版）医药卫生》2022年第12期232-236,共5页

摘　　要：通过生物信息学方法构建冠心病患者血液外泌体中的竞争性内源RNA调控网络,探讨其发病机制。方法 从exoRBase数据库下载CHD患者和正常对照组的血液外泌体测序数据,使用R语言分别对外泌体mRNA、长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)及环状RNA(circular RNA, circRNA)的表达谱进行差异分析。使用TargetScan和miRanda数据库共同预测和差异表达mRNA结合的miRNA(microRNA, miRNA)。使用miRcode数据库预测与差异表达lncRNA结合的miRNA,使用starBase数据库预测与差异表circRNA结合的miRNA。将相关的预测数据导入Cytoscape软件对ceRNA网络可视化,并使用R语言进行 KEGG富集分析。采用CytoHubba插件确定Hub基因,exoRbase在线工具分析CHD和正常样本的基因测序表达数据。结果 筛选出72个差异表达的mRNA,18个差异表达的lncRNA,134个差异表达的circRNA。采用Cytoscape软件构建ceRNA网络,16个mRNA节点、1个lncRNA节点、17个circRNA节点、75个miRNA节点。使用R语言对差异基因进行KEGG富集分析,KEGG富集分析显示调控网络中差异表达的mRNA主要富集在肌动蛋白细胞骨架调控和紧密连接。将得到的网络信息导入Cytoscape软件,共筛选出10个 Hub基因,6个mRNA和4个circRNA。进一步分析NME4、MSN、ZEB1、MYH9、TAF15、RRM2基因,结果显示:与正常对照组相比,TAF15、RRM2、NME4、ZEB1基因水平明显升高,而MSN、MYH9基因水平明显下调。结论 本研究成功构建CHD血液外泌体中的ceRNA调控网络,为CHD的诊断和治疗提供靶点。

关 键 词：冠心病 外泌体 竞争性内源RNA 调控网络 富集分析 

分 类 号：R541[医药卫生—心血管疾病]