GEO数据库对类风湿性关节炎自噬相关基因的鉴定及生物信息学分析  

作　　者：陈波杰[1] 王敷强 张赟 刘芳[2] 

机构地区：[1]赣州市人民医院关节外科,江西赣州341000 [2]赣南医学院第一附属医院耳鼻喉头颈外科,江西赣州341000

出　　处：《中文科技期刊数据库（全文版）医药卫生》2023年第10期26-29,共4页

基　　金：2022年赣州市科技计划项目(项目名称:基于生物信息学分析和实验验证鉴定类风湿性关节炎中潜在的自噬相关基因项目,项目编号:GZ2022ZSF104);2023年江西省卫生健康委科技计划项目(项目名称:基于新型网络药理学模型探讨多种中药方剂治疗类风湿性关节炎作用机制,项目编号:202311958)。

摘　　要：自噬可能参与RA的发病;但是,RA与自噬相关的基因在很大程度上尚不清楚。因此,探讨自噬相关基因在RA中的作用机制。方法 采用GEO数据库对GSE55235芯片数据集进行差异基因的筛选,获得差异表达基因与自噬相关基因作交集,获得RA自噬相关基因,随后对RA自噬相关基因进行相关性分析、GO和KEGG通路富集分析,构建蛋白之间互作网络图(PPI),通过Cytoscape3.9.0软件获取hub关键基因。结果 基于生物信息学分析,共筛选出1122个差异表达基因,自噬基因232个,二者交集共鉴定了26个潜在的自噬相关基因。BP主要富集在细胞对外部刺激的反应、肽酶活性的调节过程等436个生物学进程条目;在CC中主要富集在线粒体外膜、细胞器外膜和外膜等8个细胞成分条目;在MF中主要富集在泛素样蛋白连接酶结合、细胞因子受体结合等33个分子功能条目。主要富集在MAPK信号通路、PI3K/AKT信号通路、TNF/TNFα信号通路及凋亡等75个信号通路中。10个关键基因VEGFA、MAPK8、CASP8、FOXO3、MYC、FOS、CDKN1A、TNFSF10、FOXO1、EGFR。结论 RA中的自噬相关基因可能是诊断和预后的有价值的生物标志物,将来可能在临床上用作治疗靶点。

关 键 词：类风湿性关节炎 GEO数据库 自噬 生物信息学 

分 类 号：R593[医药卫生—内科学]