RNA二级结构预测算法  

The Algorithms for RNA Secondary Structure Prediction

作　　者：李恒武 朱大铭 

出　　处：《计算机科学》2002年第z1期275-278,共4页Computer Science

摘　　要：　　1引言 　　热动力学最小自由能量方法预测RNA二级结构起始于Tinoco等人[1].1975年Pipas与Mcmahom首先进行了最小化自由能量的计算方法的研究[2],其时间复杂度为O(2n),且仅用于小于200个核苷酸的短序列.Studnicka等进一步定义了折叠RNA分子的精密的拓朴规则[3],其算法的时间复杂度为O(n5),该算法需要人为干预,对较长序列的解一般是次最优的.Nussinov首次引入动态规划算法[5],算法只考虑临近碱基的相互作用,其时间复杂度为O(n3).Zuker首次将动态规划算法用于复杂的Tinoco自由能量模型,设计了mfold算法,算法的时间复杂度为O(n3)[6].Sankoff对mfold算法的性质进行了严格的理论分析[7].……

分 类 号：TP3[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]