马铃薯青枯病(Ralstonia solanacearum)质粒基因组分泌蛋白信号肽初步分析  

Analysis of the secretory protein encoded by genes in the whole genome of potato pathogens Ralstonia solanacearum GMI1000 bacteria

作　　者：周晓罡[1] 丁玉梅[1] 张绍松[1] 孙茂林[1] 李建平[2] 

机构地区：[1]云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所 [2]云南农业大学农业职业技术学院,云南昆明650031

出　　处：《云南大学学报（自然科学版）》2008年第S1期36-42,共7页Journal of Yunnan University(Natural Sciences Edition)

基　　金：云南省自然基金资助项目(2006C0062M);云南省“十一五”科技攻关资助项目(2006NG08);云南省自然科学基金资助项目(2004C0025Q)

摘　　要：应用SignalP 3.0,TMHMM 2.0,THUMBUP,big-PI,TargetP 1.01,Lipop 1.0,TatP 1.0等7种软件分别对马铃薯青枯病菌Ralstonia solanacearum GMI1000质粒基因组1 681个氨基酸序列进行预测分析.结果表明,该物种质粒基因组分泌蛋白有85个,占其基因组编码蛋白的5.1%.通过对质粒分泌蛋白切割位点信号肽类型分析后发现具Ⅰ型信号肽的分泌蛋白有73个,Ⅱ型的有12个,所有分泌蛋白中具RR-motif信号肽结构的有3个,且均为Ⅰ型信号肽.质粒分泌蛋白中,59个具可预测功能,26个为未知功能蛋白.已知功能的分泌蛋白主要集中于细胞代谢,细胞调控及转运,细胞膜结构等领域.在质粒分泌蛋白中发现3个Ⅲ型信号肽分泌蛋白,该类蛋白是由hip基因编码产生,在植物及动物病原细菌中相当保守,负责将效应蛋白分子转运到寄主细胞中从而产生致病作用.这些功能是该物种在长期进化过程中与环境中各种因子发生互作,相互适应的结果.It is analyzed that the potato pathogens Ralstonia solanacearum GMI1000 Bacteria 1 681 amino acid sequences with plasmid genome by using SignalP 3.0,TMHMM 2.0,THUMBUP,big-PI,Target P 1.01,Lipop 1.0,TatP 1.0 software.Results showed that the species secreted protein were 85ORFs of plasmid.The rate of plasmid secreted proteins was 5.1% in its total proteins encoded by whole genome sequences.The Plasmid has 73 ORFs type Ⅰ and 12 ORFs type Ⅱ secreted proteins.in all secreted proteins the twin-arginine structure ...

关 键 词：马铃薯青枯病Ralstonia solanacea RUM GMI1000 信号肽 质粒基因组 

分 类 号：S435.32[农业科学—农业昆虫与害虫防治]