植物GH3基因家族的生物信息学分析  

Bioinformatic Analysis of the GH3 Gene Family in Plant

作　　者：谢小芳[1] 黄勤怡[1] 吴为人[1] 

机构地区：[1]福建农林大学生命科学学院,福州350002

出　　处：《基因组学与应用生物学》2010年第5期829-837,共9页Genomics and Applied Biology

基　　金：国家自然科学基金项目(30600385)资助

摘　　要：植物生长素在植物的生长发育过程中至关重要,GH3基因家族是植物生长素早期应答的成员。本研究采用比较基因组学的方法,利用已经分离的拟南芥GH3(Gretchen Hagen3)蛋白为检索序列,在全基因组水平上搜索拟南芥、水稻、葡萄、白杨和苜蓿的GH3基因的同源序列。最终确定了59个GH3候选基因,其中拟南芥19个,水稻14个,葡萄9个,白杨14个,苜蓿3个。对同源序列作进一步的多序列联配、MEME、ESTs和系统发生表达分析,结果表明:GH3基因家族的基本特征在单双子叶植物分离之前就已经形成;GH3结构域在蛋白质间较保守,可以分为3个亚家族,其中个别蛋白发生了基序丢失;59个同源蛋白中的40个成员找到了ESTs的证据,且表达部位多样,不同成员之间的表达部位存在差异。该研究结果将为植物的GH3基因家族的研究提供参考。Phytohormone auxin plays an important role in plant growth and development. Members of GH3 gene family are responsive primarily to auxin induction. In this research, we searched the homologous sequence from Arabidopsis thaliana, Oryza sativa, Populus tomentosa, Vitis vinifera and Medicago truncatula protein database based on the complete genome by using comparative genomics methods and taking the Arabidopsis thaliana GH3 protein which has been isolated as the retrieval sequence. The results showed that 59 G...

关 键 词：植物 GH3基因家族 比较基因组学 生物信息学 

分 类 号：Q943[生物学—植物学]