猪圆环病毒Ⅱ型SC株ORF3基因克隆及其编码蛋白的生物信息学分析  

Cloning and Bioinformatics Analysis of ORF3 Gene and Its Coding Protein from PCV-Ⅱ SC Strain

作　　者：华丽[1,2] 朱玲[1,2] 史小红[1,2] 梅淼[1,2] 陈晓秋[1,2] 

机构地区：[1]四川农业大学动物生物技术中心,雅安625014 [2]动物疫病与人类健康实验室,四川农业大学,雅安625014

出　　处：《基因组学与应用生物学》2010年第5期857-864,共8页Genomics and Applied Biology

基　　金：四川省青年科技基金(200930421);“长江学者和创新团队发展计划”创新团队项目(IRT0848)共同资助

摘　　要：本研究根据GenBank登录的猪圆环病毒基因组序列(DQ180392.1)来设计引物,用PCR法扩增出PCV-2四川株(PCV-2SC)ORF3基因,并克隆到PMD19-T载体进行测序,同时利用在线生物信息学软件及数据库对ORF3基因及其编码蛋白进行生物信息学分析。研究结果表明,成功构建了命名为P-S-PCV-2SCORF3的重组质粒;测序结果得知PCV-2SCORF3基因全长315bp,共编码104个氨基酸;BLAST比对发现该基因与GenBank中国内外参考毒株核苷酸同源性在98%~100%之间。利用在线生物信息学软件对PCV-2SCORF3编码蛋白结构特征进行分析,发现该蛋白含有12个潜在的磷酸化位点,ORF3成熟蛋白有4个主要的抗原位点;亚细胞定位分析结果表明,编码蛋白主要存在于线粒体中和细胞核中并各占43.5%和34.8%,这证实了PCV-2SCORF3编码蛋白属于胞质蛋白,抗原区位集中于胞膜,有向胞核移动的趋势,功能强大,可能与细胞凋亡有关。疏水性分析发现,该编码蛋白具有一定的疏水性,与该蛋白的表面抗原决定族和膜蛋白中穿越膜的肽片段及该蛋白的高级结构的形成有关,预示其高疏水性区又与膜蛋白的跨膜区有...In this article, we had designed a pair of specific primer according to the genomic sequence of PCV-2 strain (GenBank accession number DQ180392.1) to amplify the fragment encoding PCV-2 SC ORF3 gene by PCR, and cloned the fragment into the multiple cloning sites of PMD19-T vector to sequence. Then we also use the bioinformatics software and database to analyze the bioinformatics of the PCV-2 SC ORF3 gene and its encoding protein. The results indicated that the recombinant plasmid named P-S-PCV-2SC ORF3 was ...

关 键 词：猪圆环病毒Ⅱ型 ORF3基因 克隆 生物信息学分析 

分 类 号：S852.65[农业科学—基础兽医学]