15,665个黄瓜EST-SSR位点的引物设计及多态性检测  

作　　者：段紫英[1] 胡丽芳[2] 黄长干 蒋伦伟[1] 刘世强[1] 

机构地区：[1]江西农业大学理学院,江西南昌330045 [2]江西农业大学农学院作物生理生态与遗传育种教育部重点实验室,江西南昌330045

出　　处：《生物技术世界》2012年第5期51-52,共2页Biotech World

基　　金：江西省教育厅基金(GJJ10111);江西农业大学自由申请项目(2009)资助

摘　　要：目前,国际公共数据库中黄瓜EST序列数量的迅速增加为SSR标记的开发提供了极为便利的资源。本研究从葫芦科基因组数据库下载513,801条黄瓜EST,经EST-trimmer软件和CD-HIT程序预处理,共获得381,022条非冗余EST。利用Perl程序MISA搜索到SSR位点15,665个,检出率为4.11%。利用Primer3软件成功设计了9,145对黄瓜EST-SSR引物,随机抽取10对引物对5个黄瓜品种进行多态性分析发现,其中仅2对引物能检测到多态性。该数据为下一步开发新的黄瓜EST-SSR标记奠定了一定的基础。

关 键 词：黄瓜 EST SSR 

分 类 号：S642.2[农业科学—蔬菜学]