BWA Plus:一个基于频繁序列的下一代基因比对工具  

A DNA Sequence Alignment Tool Based on BWA and Data Mining

作　　者：陈垚亮[1] 洪骥[1] 崔万云 肖仰华[1] 

机构地区：[1]复旦大学计算机科学技术学院,201203

出　　处：《计算机研究与发展》2011年第S3期391-394,共4页Journal of Computer Research and Development

基　　金：国家自然科学基金项目(61003001);高等学校博士学科点专项科研基金项目(20100071120032)

摘　　要：如何提高下一代基因序列比对是当前生物信息学中一个重要的问题.当前广泛使用的下一代基因序列比对方法BWA由于需要对基因片段在一定编辑距离内进行模式穷举,会浪费大量的计算资源与时间.所介绍的演示系统基于BWA,提出了一种结合数据挖掘方法的匹配剪枝策略,能大大降低穷举模式的代价,从而显著提高算法效率.实验表明,本系统相比时下流行的系统效率提升20%左右,并且能够输出成通用的输出格式,已具备实用性.如何提高下一代基因序列比对是当前生物信息学中一个重要的问题.当前广泛使用的下一代基因序列比对方法BWA由于需要对基因片段在一定编辑距离内进行模式穷举,会浪费大量的计算资源与时间.所介绍的演示系统基于BWA,提出了一种结合数据挖掘方法的匹配剪枝策略,能大大降低穷举模式的代价,从而显著提高算法效率.实验表明,本系统相比时下流行的系统效率提升20%左右,并且能够输出成通用的输出格式,已具备实用性.

关 键 词：BWA PLUS 基因序列比对 数据挖掘 生物信息学 

分 类 号：TP3[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]