多GPU节点下的NAMD测试与分析  

NAMD test and analysis on multi-GPU nodes

作　　者：桂叶晨[1] 刘涛[1] 彭蓉[1] 文高进[1] 

机构地区：[1]中国科学院深圳先进技术研究院先进计算与数字工程研究所,广东深圳518055

出　　处：《华中科技大学学报（自然科学版）》2011年第S1期106-109,共4页Journal of Huazhong University of Science and Technology(Natural Science Edition)

基　　金：国家高技术研究发展计划资助项目(2006AA01A114;2007AA120502);深圳市科技计划资助项目(SY200806300211A)

摘　　要：运用大规模分子动力学并行开源代码NAMD测试了深腾7000GGPU集群的性能.在配备有Teslac1060与双路4核CPU的节点上,分别对烟草花病毒(STMV),血脂蛋白(ApoA1)与Tiny这3类分子进行了单节点与多节点的测试.测试结果表明:GPU相较于CPU能获得平均2至8倍性能提升,可为大规模分子的模拟提供高性价比的解决方案.然而,多节点下GPU的利用率却有所降低,其并行扩展性能也受到一定限制.另外,一些重要的分子结构构建的指标,如范德华力静止点的值也在一定程度上影响着模拟性能.运用大规模分子动力学并行开源代码NAMD测试了深腾7000GGPU集群的性能.在配备有Teslac1060与双路4核CPU的节点上,分别对烟草花病毒(STMV),血脂蛋白(ApoA1)与Tiny这3类分子进行了单节点与多节点的测试.测试结果表明:GPU相较于CPU能获得平均2至8倍性能提升,可为大规模分子的模拟提供高性价比的解决方案.然而,多节点下GPU的利用率却有所降低,其并行扩展性能也受到一定限制.另外,一些重要的分子结构构建的指标,如范德华力静止点的值也在一定程度上影响着模拟性能.

关 键 词：纳米分子动力学 统一计算架构 图形处理单元 并行计算 非成键作用力 

分 类 号：N55[自然科学总论]