幽门螺杆菌VacA、CagA及BabA蛋白的二级结构和免疫表位预测分析  

Prediction and analysis of secondary structures and immune epitopes for Helicobacter pylori VacA,CagA and BabA proteins

作　　者：薛利军[1] 苏全胜[1] 刘小北[1] 冒晓蓓[1] 任丽丽[1] 许晶[1] 褚晓源[1] 

机构地区：[1]南京军区南京总医院肿瘤内科,南京210002

出　　处：《中国免疫学杂志》2011年第S1期1153-1158,共6页Chinese Journal of Immunology

基　　金：国家自然科学基金(30901733)资助

摘　　要：目的:预测幽门螺杆菌的重要抗原组分VacA、CagA及BabA蛋白的二级结构和B细胞表位。方法:基于序列比对和进化树分析,选择幽门螺杆菌J99作为源菌株,进行相关蛋白质二级结构和免疫表位的预测。应用DNASTAR Protean软件,通过Chou-Fasman和Garnier-Robson方法,预测α螺旋、β折叠、转角以及卷曲结构;通过Jameson-Wolf、Emini、Kyte-Doolittle和Karplus-Schulz方法,分别预测抗原性指数、表面可能性、氨基酸亲水性和柔性区域。结果:VacA和BabA有较多的β折叠,CagA主要由大量α螺旋组成,三者转角或卷曲的构成比例则基本相似。VacA蛋白有5～11、28～31和1 235～1 243等18个优势B细胞表位区段,BabA的优势表位有19～25、41～55和692～702等16个区段;CagA有更多的B细胞表位,主要分布在5～12、40～57及1 154～1 167等30个区段。结论:基本明确了VacA、CagA及BabA蛋白的二级结构特征和B细胞表位区段,为进一步通过动物实验筛选出高效表位奠定了基础。目的:预测幽门螺杆菌的重要抗原组分VacA、CagA及BabA蛋白的二级结构和B细胞表位。方法:基于序列比对和进化树分析,选择幽门螺杆菌J99作为源菌株,进行相关蛋白质二级结构和免疫表位的预测。应用DNASTAR Protean软件,通过Chou-Fasman和Garnier-Robson方法,预测α螺旋、β折叠、转角以及卷曲结构;通过Jameson-Wolf、Emini、Kyte-Doolittle和Karplus-Schulz方法,分别预测抗原性指数、表面可能性、氨基酸亲水性和柔性区域。结果:VacA和BabA有较多的β折叠,CagA主要由大量α螺旋组成,三者转角或卷曲的构成比例则基本相似。VacA蛋白有5～11、28～31和1 235～1 243等18个优势B细胞表位区段,BabA的优势表位有19～25、41～55和692～702等16个区段;CagA有更多的B细胞表位,主要分布在5～12、40～57及1 154～1 167等30个区段。结论:基本明确了VacA、CagA及BabA蛋白的二级结构特征和B细胞表位区段,为进一步通过动物实验筛选出高效表位奠定了基础。

关 键 词：幽门螺杆菌 二级结构 B细胞表位 VACA CAGA BabA 

分 类 号：R392[医药卫生—免疫学]