MPP并行机上数亿粒子规模的分子动力学模拟  

作　　者：曹小林[1] 莫则尧[1] 张景琳[1] 

机构地区：[1]北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心计算物理实验室，北京100088

出　　处：《高技术通讯》2004年第5期10-13,共4页Chinese High Technology Letters

摘　　要：提出一种基于“块-单元-链表”数据结构和HSFC动态负载平衡的并行分子动力学算法，实现了大规模、非均匀分子动力学模拟的基于MPI的可扩展并行计算，以辅助物理学家实现具有实验意义的纳米级模拟。具体地，在某MPP并行机的240个CPU上，计算3．84亿(二维)和2．76亿(三维)个粒子规模的金属微喷射问题，均获得了209倍以上的加速比。

关 键 词：MPP并行机 并行分子动力学 动态负载平衡 块-单元-链表 通信 动态负载平衡 

分 类 号：TP338.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构]