一种关于蛋白质模体的自动识别算法  

An Algorithm of Automatic Discovery of Protein Motif

作　　者：蔡振辉[1] 戈晓斐[2] 胡磊[2] 黄晓[3] 

机构地区：[1]苏州大学计算机科学与技术系 [2]武汉大学计算机学院,湖北武汉430072 [3]江苏移动通信有限责任公司南京分公司,江苏南京210003

出　　处：《微机发展》2004年第10期123-126,共4页Microcomputer Development

摘　　要：随着生物信息学的发展,模体识别已经成为一种能够从生物序列中提取有用生物信息的方法。文中介绍了有关模体的一些概念,讨论了模体识别算法(MEME)的基础,即EM(expectationmaximization)算法,由于MEME算法是建立在EM算法的基础上的,所以又由此引出了MEME算法,并对MEME算法的一些基本问题比如时间复杂度、算法性能等进行了详细讨论,对算法的局限性和有待改进的地方作了说明。实践证明,MEME是一个较好的模体识别算法,它能够识别出蛋白质或者DNA序列中单个或多个模体,具有很大的灵活性。With the development of molecular biology,motif identification has become a method of learning valuable information from biological sequence.This paper first introduces the definition of motif,then discusses in detail the basis of MEME:EM (expectation maximization) algorithm, and because EM algorithm is the base of MEME algorithm, so the paper introduces MEME algorithm and discusses some basic problems for example time complexity and performance of the algorithm,at the same time it explains the limitations and improvements of the algorithm.It proves that MEME is a good algorithm which can identify singleor multiple motifs from protein or DNA sequence, and with great flexibility.

关 键 词：模体 算法 最大期望值算法 MEME算法 

分 类 号：TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构]