丝组二肽对DNA切割作用的QM-MM研究  被引量:4

A QM-MM Study on DNA Cleavage by Seryl-Histidine Dipeptide

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作  者:钟儒刚 赵丽娇[2] 赵玉芬[1] 

机构地区:[1]清华大学生命科学与工程研究院化学系,教育部生命有机磷化学重点实验室 [2]北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京100022

出  处:《化学学报》2004年第24期2444-2446,共3页Acta Chimica Sinica

基  金:国家自然科学基金 (No.2 0 1 750 2 6)资助项目

摘  要:运用QM MM方法对丝组二肽切割DNA作用的机理进行了研究 .通过计算得到了丝组二肽与DNA形成多氢键作用的有效分子识别模型及相关分子结构参数 ,从理论上解释了丝组二肽与DNA通过形成五配位磷中间体而使磷酸二酯键发生水解 ,从而使得DNA被切断的作用机理 .A QM-MM calculation was carried out to study the mechanism of DNA cleavage by the dipeptide seryl-histidine (SH). The effective molecular recognition between SH and DNA through multi-hydrogen-bonds was obtained, as well as the corresponding structural parameters. The results could be used to explain the mechanism of DNA cleavage by SH, which supposed that the formation of penta-coordinate phosphorus intermediate caused the phosphodiester bond hydrolysis.

关 键 词:MM DNA 二肽 生水 酯键 作用 研究 上解 配位 分子识别 

分 类 号:O629[理学—有机化学]

 

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