功能相关基因模块的共表达分析软件GeneHub  

GeneHub software of the co-expression analysis of functional related gene modules

作　　者：郭政[1,2,3] 张田文[1] 李霞[1,2,3] 屠康[4] 喻辉[4] 徐建震[4] 王辰光[4] 

机构地区：[1]哈尔滨工业大学计算机科学系 [2]哈尔滨医科大学生物信息学研究室,黑龙江哈尔滨150086 [3]哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司,黑龙江哈尔滨150086 [4]哈尔滨医科大学生物信息学研究室

出　　处：《哈尔滨工业大学学报》2005年第5期599-603,共5页Journal of Harbin Institute of Technology

基　　金：国家自然科学基金资助项目(39970397;30370388;30170515);国家高技术研究发展计划资助项目(2002AA222052;2003AA2Z2051);黑龙江科技攻关重点资助项目(GB03C602-4);哈尔滨市科技攻关资助项目(2003AA3CS113);黑龙江自然科学基金资助项目(F0177).

摘　　要：介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色体定位、蛋白质互作及蛋白质复合物、调控通路、信号传导通路和细胞位置5个方面的基因功能分类体系下基因组共表达现象.该软件有利于整合其他多种基因组信息源,从而为采用信息融合分析技术挖掘基因表达谱数据和发现新的基因功能知识建立了很好的基础.介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色?GeneHub analysis software was developed based on the co-expression of functional related gene modules. Applying GeneHub, the research of expression correlation of functional related genes could be performed by selecting different gene function knowledge databases, different expression similarity measurement and different experimental data. GeneHub can be used to integrate many other genome information resources, such as the integration of molecular biology database interface and other customized application database interface. GeneHub will supply a good chance to the gene expression profile data mining based on information fusion analysis technology and also lay a good foundation for novel gene function discovery.

关 键 词：基因芯片 基因表达 基因功能 相关 数据库 

分 类 号：Q347[生物学—遗传学] R587.1[医药卫生—内分泌]