基于基因功能表达谱的疾病分类：抗基因缺失的稳健性  

Disease classification based on gene function expression profiles: robustness against gene absence

作　　者：郭政 [1] 张田文 [2] 王琦 [2] 李霞 [1] 

机构地区：[1]哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院,哈尔滨,150001,哈尔滨医科大学生物信息学系,哈尔滨,150086,哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司,哈尔滨,150090 [2]哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院,哈尔滨,150001

出　　处：《高技术通讯》2005年第6期78-81,共4页Chinese High Technology Letters

基　　金：国家自然科学基金，国家高技术研究发展计划(863计划)

摘　　要：利用基因表达谱数据,按 Gene Ontology基因功能分类体系,将基因模块化地组织到具有显著生物学意义的低维差异表达功能模块单元中,构造新的指标用于分类疾病样本,从而提出了基于功能表达谱的分析新途径.新算法可稳健地抗基因检测缺失,抗基因表达变异,抗检测误差,并可以显著地降低分类特征维数(参与疾病分类的基因数目).采用淋巴瘤数据集,比较了基于功能表达谱和常规的基因表达谱的决策树分类器.结果显示,基于功能表达谱可以得到高准确度的疾病样本分类结果,能够直接从功能水平上给出相应的生物学解释.通过仿真分析,进一步显示了基于功能表达谱的分类方法具有抗基因检测缺失的稳健性.

关 键 词：基因功能 稳健性 疾病 基因缺失 Ontology 基因检测 生物学意义 基因表达谱 分类体系 功能模块 差异表达 检测误差 基因数目 特征维数 树分类器 样本分类 仿真分析 分类方法 谱数据 地组织 模块化 新算法 数据集 淋巴瘤 

分 类 号：Q78[生物学—分子生物学] O212.1[理学—概率论与数理统计]