分子动力学模拟蛋白质吸附过程中势能函数计算的分组简化  

Using periodical boundary condition and the nearest image convection in the pro- tein molecular simulation

作　　者：滕智津[1,2] 韩振为[1,2] 

机构地区：[1]天津大学化工学院 [2]天津大学精馏技术国家工程中心,天津300072

出　　处：《计算机与应用化学》2005年第5期389-391,共3页Computers and Applied Chemistry

基　　金：国家自然科学基金资助项目(29806010)

摘　　要：分子水平上理解蛋白质吸附的机理,是目前蛋白质工程、生物材料和生物医学领域中一个基本问题。本文根据蛋白质分子结构的特点,采用刚体模型,在NVT条件下,对聚十赖氨酸分子在固液界面上的吸附过程进行了分子动力学模拟。在计算过程中,通过对原胞内原子进行适当分组的方法改进,以求进一步提高对势能函数的计算速度。研究结果表明,适当分组的方法可以简化分子动力学模拟的计算过程,加快计算速度,而模拟结果反映了吸附过程中蛋白质分子构象变化过程。Understanging protein adsorption in molecular level is a basic problem for protein engineering, biomaterial and biomedical. Considering the characteristic of protein, we proposed a rigid-body model in MD simulation of poly-10-lysine adsorption at solid-liquid interface. The simulation is much accelerated because of adopting a special grouping method for potential truncation. It was shown that the special grouping method can simplify and quicken the process of molecular dynamics simulation. Furthermore, simulation's result reflects very well the process of transformation of protein molecule.

关 键 词：分子动力学模拟 蛋白质吸附 势能函数 分组简化 

分 类 号：TQ937[化学工程] Q71[生物学—分子生物学]