TPM:基于Taverna的PCR引物设计与评估工作流系统  

TPM:a Taverna workflow for PCR primer design and evaluation

作　　者：屈武斌[1,2] 杭兴宜[2] 申志勇[2] 李稚锋[2] 张成岗[2] 杨毅[1] 

机构地区：[1]四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610064 [2]军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室,北京100850

出　　处：《四川大学学报（自然科学版）》2009年第6期1685-1690,共6页Journal of Sichuan University(Natural Science Edition)

基　　金：国家重点基础研究发展规划项目(973计划)(2006CB504100;2003CB715900);国家自然科学基金(30771230;30772244;30470927)

摘　　要：PCR引物设计是PCR实验中关键而重要的一步,而引物的特异性情况直接影响着PCR实验的成败.首先,设计了基于多因素(序列相似性,引物3′末端自由能,Tm等)的PCR引物特异性评估工具-MFEprimer;其次,在MFEprimer的基础上,结合引物设计软件primer3,在Taverna工作流平台上构建了PCR引物设计(primer3)与评估(MFEprimer)一体的工作流系统-TPM(Taverna-Primer3-MFEprimer),实现了从引物设计到评估的自动化分析流程,使用简单方便.Primer design is one of the important steps in PCR experiments and the specific primers are crucial for successful PCR reactions.Firstly,a program named MFEprimer was proposed to evaluate the specificity of PCR primers by considering sequence similarity,stability at the 3' end of the primer and melting temperature.Secondly,by combining MFEprimer and primer designing tool primer3,a Taverna workflow called TPM (Taverna-Primer3-MFEprimer) was developed to perform primer design and primer evaluation in one step.TPM is accurate,reliable and easy to use.

关 键 词：TPM PCR引物设计 评估工具 工作流系统 evaluation design 特异性 序列相似性 工作流平台 successful 直接影响 实验 设计软件 分析流程 workflow 自由能 自动化 多因素 性情 基础 

分 类 号：N55[自然科学总论]