超级多重基因组序列比对算法  

Super Multiple Genome Alignment

作　　者：呼广跃[1] 沈世镒[1] 

机构地区：[1]南开大学数学科学学院LMPC,天津300071

出　　处：《计算机工程与应用》2005年第27期13-15,共3页Computer Engineering and Applications

基　　金：国家自然科学基金(编号:10271061;90208022);天南大联合研究项目;刘徽应用数学研究中心资助

摘　　要：大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法。论文开发出一个新的比对工具“超级多重基因组比对”(简称SMGA),该系统是建立在序列突变与比对的“模代数”理论基础上专为长基因组序列的多重比对设计的。SMGA在一台主频2.8G的PC机上完成平均长度约5M的9条有机菌基因组的多重比对的时间大约为35min。论文还使用模拟数据对SMGA的比对精确度做了估计。To compare large genomic DNA sequences of related organisms and of different species,researchers need efficient methods to align many long sequences.We develop a new tool Super Multiple Genome Alignment （SMGA for sbort）,a new system specially for rapid multiple global alignment of genomic sequences.SMGA can align a data set of average length 5M of 9 enterobacterial genomic sequences in about 35min on a PC whose main frequency is 2.8G.We have compared our methods with other methods through extensive simulations of genome evolution.

关 键 词：多重序列比对 “模代数”理论 后缀树 锚定 

分 类 号：TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构]