手性配合物D,L-[Co(phen)_2hpip]^(3+)识别DNA序列及从构型上修复错配序列DNA的分子力学模拟  

作　　者：吴艳波[1] 张翠萍[1] 杨频[1] 

机构地区：[1]山西大学分子科学研究所化学生物学与分子工程教育部重点实验室,太原030006

出　　处：《中国科学（B辑）》2005年第5期417-424,共8页Science in China(Series B)

基　　金：国家自然科学基金资助项目(批准号:30470408)

摘　　要：使用分子力学方法模拟了化合物[Co(phen)2hpip]3+(phen=1,10phenanthroline,hpip=2-[2-hydroxyphenyl]imidazole[4,5-f][1,10]phenanthroline)对正常、错配序列DNA的识别作用及对错配DNA在构型上的修复作用.模拟结果显示,该配合物的两个手性异构体都从小沟方向特异性的识别正常DNA,而从大沟方向特异性的识别剪式错配DNA与错配相邻的区域.两个手性异构体都能将错配DNA的错配区域由剪式构型转变为平行构型,其中右手异构体转变得更完美.详细的分析发现,在配合物插入碱基堆积过程中的空间位阻状况决定了识别作用的结果,体现在以下两点:(1)辅助配体菲啰啉与DNA骨架及碱基的空间冲突情况;(2)骨架及碱基对在DNA为适应配合物的进入而发生扩张时的空间拥挤程度.配合物对剪式错配构型的修复不但与空间相互作用有关,还与配体hpip-碱基及碱基之间堆积的紧密程度有关.

关 键 词：手性配合物 金属配合物 分子模拟 DNA序列 Docking方法 分子力学方法 

分 类 号：Q523[生物学—生物化学]