猪内源性反转录病毒5′端非编码区的克隆及结构分析  

Cloning of Porcine Endogenous Retrovirus 5′-Untranslated Region and Analysis of its Structure

作　　者：吴健敏[1] 阳玉彪[1] 吕茂民[1] 谢放[1] 郭艳茹[1] 章金刚[1] 

机构地区：[1]军事医学科学院输血医学研究所

出　　处：《中国病毒学》2005年第5期522-525,共4页Virologica Sinica

基　　金：国家自然科学基金(30270989);北京市自然科学基金(5032015);中国博士后基金(2003033195)资助项目

摘　　要：通过五指山猪内源性反转录病毒5′端非编码区(5′UTR)cDNA的克隆,分析其一级结构和调控元件,为进一步研究其在PERV复制、转录中的调控机制奠定基础。本研究采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)获得全长约1035bp的PERV 5′UTR。通过NCBI公共数据库BLASTn序列进行同源性分析,并应用KEGG数据库对该转录调控区进行顺式作用元件定位分析,结果发现PERV 5′UTR与GenBank公布的部分PERV 5′UTR相比较,同源性在82.6~94.8%之间。一级结构分析发现PERV 5′UTR由U3、R、U5区、引物结合区(PBS)及前导序列组成,可能的核心启动子序列与具有增强子作用的39bp重复序列分别位于U3区的-67^+1与-97^-59区段。在5′UTR转录调控区(-428^+507)鉴定出31个有效的顺式作用元件位点,其中NF-Y、TBP、Oct-1、HSF、GATA-1和GATA-2等与PERV的转录、调控密切相关。The full-length 5′-untranslated region （5′UTR） of Porcine endogenous retrovirus （PERV） from Chinese Wuzhi shan（WZS） miniature pigs was cloned by RACE. Seguencing of PERV-WZS 5′UTR showed that it was 1035bp. Compared with other PERV 5′UTR sequences published in GenBank, the homology was 82.6-94.8%. Primary structure analysis revealed that the PERV-WZS 5′UTR was composed of U3, R, U5, primer binding site （PBS） and leader sequence. The potential promoter and enhancer of the 39-bp repeat sequences were located in U3 region （-67-＋1） and （-97--59） respectively. There were 31 potential cis-acting elements such as NF-Y, TBP, Oct-0, HSF, GATA-1, and GATA-2 ,which were considered to be related to PERV transcription and regulation.

关 键 词：PERV猪内源性反转录病毒 五指山猪 5′端非编码区 一级结构 顺式作用元件 

分 类 号：S852.65[农业科学—基础兽医学]