萝卜基因组DNA的RAMP-PCR体系优化  

Optimization of RAMP-PCR reaction system in genomic DNA of radish(Raphanus sativus)

作　　者：龚义勤[1] 李培[1] 王明霞[1] 赵丽萍[1] 柳李旺[1] 

机构地区：[1]南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室南京农业大学园艺学院,南京210095

出　　处：《植物研究》2006年第1期93-97,共5页Bulletin of Botanical Research

基　　金：国家自然科学基金(30300238);江苏省自然科学基金(BK2004418);上海市科技兴农重点攻关(沪农科攻字2004第9~1号;2000第1~4号);南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室开放基金课题资助部分内容

摘　　要：以萝卜为材料，对基因组DNA的RAMP分析体系中的Mg^2＋、dNTPs和引物浓度进行优化。分别设计3个浓度梯度：Mg^2＋为0．75、1．5、3．0mmol·L^-1；dNTPs为0．05、0．15、0．3mmol·L^-1；引物为0．065、0．2、0．4μmol·L^-1，并对合适退火温度进行研究。筛选出的RAMP优化体系为（20μL）：dNTPs 0．15mmol·L^-1，Mg^2＋ 1．5mmol·L^-1，引物0．2～0．4μmol·L^-1，DNA 10ng，Taq E 0．8U；PCR扩增程序为94℃ 3min，94℃ 1min，45℃ 1min，72℃ 1．5min，42个循环，72℃ 8min。运用此体系，进行引物组合筛选，并对7个萝卜品种的遗传多样性与品种鉴定进行RAMP标记分析。Genomic DNA of Radish was analyzed by optimizing the concentration of Mg^2＋ , dNTPs and primer in Random Amplified Microsatellite Polymorphism （RAMP） system. Three different concentration gradients were set respectively, Mg^2＋ 0.75, 1.5,3.0 mmol ·L^-1; dNTPs 0.05, 0.15,0.3 mmol·L^-1 ; primer 0. 065,0.2,0.4 μmol ·L^-1, and the suitable annealing temperature was also screened. An optimization of RAMP reaction system for radish genomic DNA is（20 μL） ： dNTPs 0.15 mmol ·L^-1 ,Mg^2＋ 1.5 mmol ·L^-1 ,primer 0.2 -0.4 μ~mol·L^-1 ,DNA 10 ng,Taq E 0.8U. The amplification protocol was： 94℃ 3 min,42 cycles for 1 min at 94℃ ,1 min at 45℃, 1.5 min at 72℃, followed by a final extension of 8 min at 72℃. The suitable system was applied in screening the primer combinations, and the genetic diversity of seven radish varieties was analyzed in RAMP marker system.

关 键 词：萝卜 RAMP标记 体系优化 遗传多样性 

分 类 号：Q781[生物学—分子生物学] S631.103[农业科学—蔬菜学]