HIV蛋白酶多肽抑制剂的理论研究  

Modeling studies of peptide inhibitors for the HIV protease

作　　者：高慧[1] 高维娜[1] 李云[1] 徐为人[2] 李娜[1] 蒋志勤[1] 杜奇石[1] 魏冬青[1] 

机构地区：[1]天津师范大学生物信息与药物开发研究所,天津300074 [2]天津药物研究院,天津300193

出　　处：《原子与分子物理学报》2006年第1期6-10,共5页Journal of Atomic and Molecular Physics

基　　金：天津市科委基础科学重点项目(033801911);计算专项的资助和中国科学院计算机网络信息中心计算化学虚拟试验室和超级计算中心的支持.

摘　　要：艾滋病病毒的发现距今已有二十多年的历史了.它仍然以很快的速度在全球范围速蔓延.研发抗艾滋病药物是当代药学的重大课题之一.在以往研究的基础上,我们利用分子叠合和分子对接这两种分子模拟手段,把从PDB数据库中得到的与HIV蛋白酶结合的12个肽类分子和已经上市的抗艾滋病的药物Saquinavir做比较.根据结构相同或相近的分子具有相同的活性原理,运用分子叠合初部判断分子活性,特别是药效团的特征比对揭示了分子活性的原因,为进一步的药物设计奠定了良好的基础.进而采用分子对接的分子模拟方法对这12个肽类分子的活性构象进行了深入的分析,预测出了这12个分子对HIV病毒蛋白酶的不同抑制作用.研究发现:P01、P05、P09、P12可能与已知药物Saquinavir在与HIV蛋白酶结合时具有相似的活性,其中P9的活性最强,有望成为抗HIV药物的理想前体,为下一步的HIV药物的设计研究提供了理论依据.It has been twenty years since the first discovery of the HIV virus. HIV remains to be a major throat to human health all over the world. Based on the experimental works and crystal structure of the HIV ligand binding protease, we investigated 12 peptides in complex with the HIV protease found in the PDB bank, using flexible molecule alignment and molecular docking. The alignment gives clues which molecule could have good binding potential. By comparing the distribution of pharmacophore points and comparing against with those of Saquinavir we could elucidate molecular basis for binding. Further studies are made with molecular docking. We find that P1, P5, P9, P12 have good binding with the protease, among them P9 is the best one. Further studies with its drugbility as an HIV protease inhibitor are under way.

关 键 词：HIV 蛋白酶 多肽抑制剂 分子模拟 

分 类 号：Q6[生物学—生物物理学]