一种基于多特征的大肠杆菌启动子判别算法  

A multi-pattern-based algorithm for recognition of E.Coli promoter regions

作　　者：敖伟[1] 王正志[1] 杜耀华[1] 

机构地区：[1]国防科技大学自动控制系,湖南长沙410073

出　　处：《生物信息学》2006年第2期65-68,84,共5页Chinese Journal of Bioinformatics

基　　金：国家自然科学基金项目(No.60471003)

摘　　要：主要对从一段DNA序列中提取出信息以判别其中是否含有启动子的问题进行了研究。首先从固定长度的序列中提取成分特征和结构特征,然后将这些特征输入到一个非线性分类器中进行判别。测试结果显示,在正集&非编码区负集中,平均错误率降低为13.4%;在正集&编码区负集中,平均错误率降低到17.0%。表明该方法是非常有效的。In this paper we consider the problem of extracting information from DNA regions to make predictions whether it contains a promoter region. We extracting component pattern and structural pattern from the fixed length potential promoter regions, then these patterns are further used in a nonlinear Classification. The results show that our method performs well and achieve 13.4% average error rate on positive ＆ noncoding negative data and 17.0% average error rate on positive ＆ coding negative data.

关 键 词：启动子 词频 组合模式 VITERBI 算法 非线性分类器 

分 类 号：Q939.1[生物学—微生物学]