基于蛋白质-DNA复合物晶体结构的DNA结构动力学特性研究  

STUDY ON DNA DYNAMIC STRUCTURAL FEATURE BASED ON PROTEIN-DNA COMPLEX CRYSTAL DATA

作　　者：毛爱华[1] 陈斯云[2] 蔡禄[2] 

机构地区：[1]内蒙古科技大学理学院 [2]内蒙古科技大学生物与化学工程学院,包头014010

出　　处：《生物物理学报》2006年第5期367-375,共9页Acta Biophysica Sinica

基　　金：国家自然科学基金项目(30460038);内蒙古自然科学基金重点项目(200508010102);内蒙古高等学校科学基金资助课题(NJ02116)~~

摘　　要：依据最新NDB数据库中蛋白质-DNA复合物晶体结构数据,考虑DNA结构的序列依赖特性,对10个二联体和36个约化的四联体计算了DNA动力学结构模型中的关键参数——力常数矩阵,矩阵中的非对角项反映了结构参数间的关联。利用改进的DNA结构动力学模型,可以方便地计算给定序列的结构动力学特性。Based on protein-DNA complex crystal structural data in up-to-date Nucleic Acid Database, taking into account the sequence-dependent feature of DNA, the key parameters in DNA dynamic structural model, force constant matrix, were calculated for 10 dimers and 36 tetramers. The non-diagonal elements represent the correlation between the structural parameters. One can calculate structural features, for example, curvature and flexibility, for given sequence using improved dynamic structural model.

关 键 词：蛋白质-DNA复合物 晶体结构 力常数 DNA 动力学结构 

分 类 号：Q617[生物学—生物物理学]