玉米品种DNA指纹数据库构建的标准化规范  

Criteria for the Construction of Maize DNA Fingerprint Database

作　　者：王凤格[1] 赵久然[2] 戴景瑞[1] 郭景伦[2] 原亚萍[3] 王璐[2] 易红梅[2] 孙世贤[4] 吕波[5] 

机构地区：[1]中国农业大学农学与生物技术学院,北京100094 [2]北京市农林科学院玉米研究中心,北京100097 [3]吉林大学植物科学学院,长春130062 [4]全国农技推广服务中心,北京100026 [5]农业部品种测试中心,北京100026

出　　处：《分子植物育种》2007年第1期128-132,共5页Molecular Plant Breeding

基　　金：北京农业育种基础研究创新平台;北京市自然科学基金项目(YZPT02-06);北京市科技新星项目(2003B23);吉林省科技计划项目(20030555)资助。

摘　　要：为了保证玉米品种DNA指纹库构建的标准化,从建库标记、检测平台、试剂、样品、评估程序、数据整合、模式库、扩展库、随机盲测等九个方面进行了全面的规范:(1)通过对不同分子标记的比较,确定SSR标记作为建库标记;(2)通过对不同DNA指纹检测方法的比较,确定毛细管电泳结合多色荧光检测方法作为DNA指纹片段分析方法;(3)规范了DNA、引物、Taq酶等试剂质量,以保证数据的稳定性和可重复性;(4)规范了样品来源、样品类型及分析样品数量;(5)确定评估品种的数量及引物的取舍标准;(6)为解决不同来源DNA指纹数据的有效整合问题,提出了固定一套核心引物、提供标准品种、提供标准DNA、确定引物等位基因BIN、规定对异常带型数据处理方式、规定数据的编码方式等6个解决策略;(7)规范了构建模式库的材料名单、来源及构建方式;(8)规范了构建扩展库的材料来源及构建方式;(9)进行数据库数据随机盲测,以评估入库数据质量。以上规范将为不同单位合作开展大规模的DNA指纹库构建研究奠定基础。In order to standardize the construction of Chinese maize DNA fingerprint database, a comprehensive criterion was set up, which regulated nine related aspects including molecular marker, detection platform, reagent, sample, evaluation procedure, data conformity, pattern database, extended database, blind test： （1） select SSR marker for the database construction after comparing different molecular markers; （2） select the five-color fluorescence capillary detection system for DNA fingerprint analysis after comparing different detection systems; （3） in order to guarantee the stability and repeatability of data, standardize the reagent quality of DNA, primer, Taq et al.; （4） standardize sample source, type and quantity; （5） determine quantity of varieties for evaluation and selection criteria of primers; （6） in order to assure conformity of DNA fingerprint data from different source, six schemes were suggested including fixing a set of core primes, offering standard varieties, offering standard DNA, determining BIN of primers, regulating how to deal with abnormal band types and setting down way of data coding; （7） standardize variety list, source and method for constructing the pattern database; （8） standardize variety source and method for constructing the extended database; （9） carry out blind test to the data in DNA database.These criterions would be helpful for collaboration among different laboratories to construct high-throughput DNA fingerprint database.

关 键 词：玉米 DNA指纹 数据库 

分 类 号：S513[农业科学—作物学]