籼稻‘93-11’一段基因组序列的完善及分析  

Gap-filling and Analyzing of DNA Sequence in One Genomic Region of Indica '93-11'

作　　者：张胜利[1] 张改生[1] 李东方[2] 王军卫[1] 牛娜[1] 

机构地区：[1]西北农林科技大学陕西省作物杂种优势研究与利用重点实验室,陕西杨陵712100 [2]河南科技学院农学系,河南新乡453003

出　　处：《西北植物学报》2007年第1期1-8,共8页Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica

基　　金：国家自然科学基金项目(301705760);国家863重大专项计划项目(2002AA207004);国家杨陵农业生物技术育种中心专项基金资助项目

摘　　要：超级杂交稻父本93-11的基因组序列测定的完成,为进行作物遗传改良和不同作物之间的比较基因组学研究提供了又一重要序列资源.但是,该基因组序列中还存在很多缺口",为使93-11的基因组序列更加精确,同时提供一些缺口"填补策略和方法,本研究采用PCR扩增、回收克隆测序的方法对该基因组中一段长约160kb、含有6个缺口"的基因组序列进行了完善,并运用相关分子生物学和生物信息学软件进行了详细分析,结果表明:该6个缺口"中,存在1个缺口"估计错误,2个序列拼接错误;缺口"主要位于非编码区,位于编码区的只有1个,其改变了对本处基因的注释,使此基因由原来的9个外显子增加为11个;填补缺口"后,基因密度增加.One important resource, genomic sequence of Indica ‘ 93-11 ＇ （the pollen provider of super-hybridrice）,has been ready for the research of crop genetic improvement and comparative genomics among crops. But,there are so many gaps in it. In order to upgrade the precision of the sequence of Indica ‘93-11＇ and provide methods for gap filling,PCR amplification,cloning and sequencing of PCR fragment were used to fill the gaps in a 160 kb genomic fragment （containing 6 gaps） of Indica ‘93-11＇. The result show that one gap estimate error and two sequence spelling errors are detected;these gaps exist mainly in noncoding region and one gap exists in coding region. The annotation of the gene containing this gap changed to 11 exons from original 9;the gene density is increased after filling the gaps.

关 键 词：基因组 测序 注释 “缺口” 

分 类 号：Q789[生物学—分子生物学]