应用计算机手段分析植物病原细菌Ralstonia solanacearum的蛋白质序列  

Computational Analysis of Protein Sequences in Ralstonia solanacearum

作　　者：刘雅婷[1] 李成云[2] 李永忠[3] 李正跃[4] 

机构地区：[1]云南农业大学农学与生物技术学院,云南昆明650201 [2]云南省植物病理重点实验室,云南昆明650201 [3]云南农业大学烟草学院,云南昆明650201 [4]云南农业大学植物保护学院

出　　处：《云南农业大学学报》2007年第4期485-490,共6页Journal of Yunnan Agricultural University

基　　金：云南省自然基金项目(2005C0036M);云南省教育厅基金项目。

摘　　要：应用SignalP 3.0,LipoP和TargetP对植物病原细菌Ralstonia solanacearum基因组中的3440个ORFs(openreading frames)进行了信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明,3440个ORFs中有462个ORFs所编码蛋白质具有N-端有信号肽序列,其中348个分泌类信号肽、100个信号肽具有RR-motif信号肽,14个脂蛋白类信号肽,未发现Prepilin-like信号肽和Bacteriocin and Pheromone信号肽。在这462个具有可切割信号肽的分泌蛋白中,有84.0%蛋白质为胞外分泌型(S型),13.2%为线粒体分泌型(M型),另外有2.8%为其它类型的分泌蛋白。通过LipoP分析该菌的全基因组预测具有4种类型蛋白质,其中其中SpI有425个,占12.3%;SpII有80个,占2.3%;CYT有2 541个,占73.9%;TMH有414个,占12.0%。比较了Ralstonia solanacearum和Pseudomonas syringaepv.tomato信号肽的长度及氨基酸的组成,发现这两种菌在这些方面存在这很大程度的相似性。本研究通过对Ralstonia solanacearum进行分泌蛋白和信号肽结构的分析,为将来功能基因组和分泌型外源蛋白的利用提供理论基础。Analysis of the completed set of 3 440 ORFs in whole genomic sequence of chromosome of Ralstonia solanacearum by SignalP 3.0, LipoP and TargetP revealed that 462 ORFs consist of putative secretory proteins with signal peptides. This includes members of the three major classes of signal peptides： 348 secretory signal peptides, 100 twin-arginine signal peptides, 14 lipoprotein signal peptides, and absent of Prepilin-like and Bacteriocin ＆ Pheromone signal peptides. The subcellular localization predicted by TargetP reveals that 3 groups in 462 secretory proteins ： e. g. mitochondrion （ M ）, secretory pathway （ S ） and other location. There are 4 types consist of 12. 3% SpI （ signal peptide）, 2.3% SplI （lipoprotein signal peptide, 73.9% CYT （cytoplasmic） and 12. 0% TMH （N- terminal trans- membrane helix） by LipoP in genome of the strain. Compared with the length and amino acid composition of most signal peptides between Ralstonia solanacearum and Pseudomonas syringae pv. tomato, it revealed there were similarities on the two bacteria.

关 键 词：Ralstonia SOLANACEARUM ORF 信号肽 RR—motif 脂蛋白 SignalP 3.0 LipoP TargetP 

分 类 号：TP399[自动化与计算机技术—计算机应用技术]