计算机存储化学结构的格式及其相互转化  

Introduction to file formats for storage of chemical structure and their conversion

作　　者：孔德信[1] 

机构地区：[1]山东理工大学生命科学学院山东省生物信息工程技术研究中心,山东淄博255049

出　　处：《计算机与应用化学》2007年第9期1260-1264,共5页Computers and Applied Chemistry

基　　金：山东理工大学博士科研启动基金（4041-405019）;山东理工大学生命科学学院特色学科建设项目的资助.

摘　　要：在计算机中存储化学结构是化学信息学首先要解决的问题,由于历史的原因,现在化学结构存储的文件格式多不胜数,给相关研究工作带来了诸多不便。本文首先综述分子结构在计算机中常见的编码方式,介绍化学结构存储的常用文件格式,讨论分子模拟工作中文件格式的选择。然后,总结常用分子模拟软件对这些分子结构文件格式的支持,介绍几种化学结构文件格式转化软件(babel,convert,consystant,vega等),并讨论不同文件类型之间的转换方法。最后,指出应从速制定化学结构文件格式的标准,因为它是化学软件标准的重要内容之一。The digital storage of chemical structure is the first problem encountered in ehemoinformaties study. For historical reason, there are countless file formats used to store chemical structures, which brings much inconvenience to our daily study. This paper gives a brief review on computer encoding of chemical structures and typical file formats. The format choosing in molecular modeling research work was discussed. Then, a survey on format supporting by several commonly-used molecular modeling program packages is given. Several programs for structure file format conversion, viz., babel, convert, eonsystant, vega, and mol2mol are introduced, and the suggestion on format conversion is given. Lastly, as a conclusion, we appeal for a standard on chemical file format to be established as early as possible.

关 键 词：化学信息学 分子模拟 分子的结构 文件格式 BABEL 

分 类 号：O6-39[理学—化学]