开源软件在化学数据库分子结构检索中的应用  

Using open-source software in the structure searching of chemical database

作　　者：袁小龙[1] 李晓霞[1] 郭力[1] 聂峰光[1] 

机构地区：[1]中国科学院过程工程研究所多相复杂系统国家重点实验室,北京100190

出　　处：《计算机与应用化学》2008年第9期1143-1146,共4页Computers and Applied Chemistry

基　　金：国家自然科学基金资助项目(90612015;20673119;20221603).

摘　　要：分子结构检索是化学数据库必备的检索手段,利用开源化学软件是实现分子结构检索的有效途径。不同于商业软件的解决方案,开源本身就体现了经济性和可重复开发的特点。本文利用Java开源化学软件开发工具包如Chemistry Development Kit(CDK)、JOELib的基本构件,基于JSP+Servlet+Bean+MySQL技术搭建了一个网络化学数据库结构检索平台。其中包括分子全结构和子结构检索,并实现了在线提交分子和化合物结构的三维显示等。对包含12万化合物结构信息的数据库的测试表明,该系统在经过预处理和一系列优化措施下,实现了较好的检索性能。Using open-source software is an effective and cheaper implementation of chemical structure searching in a chemical database. Unlike commercial solutions, open source itself also represents extensibility. By integrating modules in open-source software, such as Chemistry Development Kit （CDK） and JOELib, based on JSP ＋ Servlet ＋ Bean ＋ MySQL technology, we build up a webbased, searchable molecular structure database, including the full structure and substructure search. Online chemical structure query and 3D display of chemical structure in hit list are also provided. Much faster searching speed can be obtained for a database of approximately 120000 structures by pretreatments and optimization algorithms.

关 键 词：分子结构检索 开源 CDK JOELib 化合物子结构检索 化学数据库 化学信息学 

分 类 号：O6-39[理学—化学]