水稻基因组中分泌蛋白的初步分析  

The Primary Analysis of Secreted Proteins in the Rice (Oryza sativa L.ssp. japonica) Genome

作　　者：吴毅歆[1] 熊国如[1] 袁远[1] 罗灯涛[1] 何月秋[1] 

机构地区：[1]云南农业大学农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室

出　　处：《分子植物育种》2008年第5期1011-1014,共4页Molecular Plant Breeding

基　　金：国家863计划项目(2002AA245041)资助

摘　　要：本文利用SignalP3.0两种算法NN(neural network)和HMM(hidden markov model)对水稻基因组中59712个ORF进行了初步的筛选,其中有4433个ORF编码的蛋白具有分泌特性,占整个基因组的7.3%。4433个具有分泌特性的蛋白,在染色体的分布是不均一的。在1号染色体的所占的比例最多,为8.8%;而12号染色体上所占的比例最少,为5.0%。其中在具有分泌特性的蛋白中,酶类、非酶类和推测蛋白分别占具有分泌型信号肽蛋白的24.9%、45.7%和29.5%。The 59 712 ORFs were analyzed by two algorithms neural network （NN） and hidden markov model （HMM） of SignalP3.0 and 4 433 ORFs, 7.3% of the whole rice genome, encoding secreted proteins were predicted. The NO. 1 Chromosome has the most secreted proteins, 8.8% of the genome, and the NO. 12 has the lest, 5% of the genome. In the 4 433 ORFs, there are three proteins enzymes, non-enzymes and hypothetical proteins, 24.9%, 45.7% and 29.5% respectively.

关 键 词：水稻基因组 分泌蛋白 预测 

分 类 号：S511[农业科学—作物学] S852.618