多位点数目可变串联重复序列分析在北京基因型结核分枝杆菌基因分型中的应用  

Evaluation of multiple locus variable number tandem repeat analysis （ 15-locus set） in genotyping of Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype

作　　者：焦伟伟[1] 李兆娜[1] 孙琳[1] 孙桂芝[2] Igor Mokrousov 郭雅洁[1] Olga Narvskaya 申阿东[1] 

机构地区：[1]首都医科大学附属北京儿童医院,100045 [2]北京胸科医院检验科 [3]197101圣彼得堡,俄罗斯圣彼得堡巴斯德研究所

出　　处：《中华检验医学杂志》2008年第11期1249-1252,共4页Chinese Journal of Laboratory Medicine

基　　金：国家自然基金资助项目（30471841）;志谢 本研究在实验数据分析过程中得到了中国疾病预防控制中心传染病预防控制所/传染病预防控制国家重点实验室万康林研究员和吕冰博士的大力支持和帮助.

摘　　要：目的评价多位点MLVA的15位点组合在北京基因型结核分枝杆菌（MTB）基因分型研究中的应用价值。方法采用MLVA（15位点）对来源于北京胸科医院的72株北京基因型MTB菌株进行基因分型，并将结果与金标准IS6110-RFLP的分型结果进行比较。结果MLVA（15位点）分型后共得到59个类型，其中53个为独特类型，其总体分辨力为0．990，多态性较好的位点有Qub—J1b、Mtub21和QUB-26；IS6110-RFLP分型后共得到69个类型，其中66个为独特类型，分辨力高达0．999，并可对MLVA（15位点）中成簇的菌株进一步区分。结论MLVA（15位点）在北京基因型菌株中具有较好的分辨能力，但成簇菌株仍需采用金标准IS6110-RFLP进一步细分。Objective To evaluate the application of multiple locus variable number tandem repeat analysis （MLVA, 15-locus set）for genotyping of Mycobacterium tuberculosis （MTB） strains of Beijing genotype. Methods Total 72 Beijing genotype MTB strains obtained from Beijing Thoracic Hospital were genotyped by MLVA （15-locus set）. The results were compared with that generated from ＂gold standard＂ IS6110-RFLP. Results After genotyped by MLVA （ 15-locus set）, 72 strains were grouped into 59 types, of which 53 were unique types. The Hunter-Gaston index （HGI） of MLVA （ 15-locus set） was 0. 990. The loci QUB-11b, Mtub 21 and QUB-26 were polymorphic in selected Beijing genotype strains. Genotyping by IS6110-RFLP generated 69 types, of which 66 were unique types. The HGI of IS6110-RFLP was up to 0. 999, and the MLVA （ 15-locus set） clustered strains could be further subdivided. Conclusion MLVA （ 15-locus set） showed better discriminatory ability in Beijing genotype MTB strains, though secondary typing of clustered strains by IS6110-RFLP is needed.

关 键 词：分枝杆菌 结核 小卫星重复 基因型 多态性 限制性片段长度 

分 类 号：R686[医药卫生—骨科学]