苏云金芽孢杆菌kurstaki亚种几丁质内切酶基因的生物信息学分析  

Bioinformatics Analysis of Bacillus thuringiensis subsp kurstaki Endochitinase Gene

作　　者：钟万芳[1] 阎文昭[2] 蔡平钟[2] 吴淑华[1] 方继朝[1] 

机构地区：[1]江苏省农业科学院植物保护研究所,江苏南京210014 [2]四川省农业科学院生物技术核技术研究所,四川成都610066

出　　处：《江苏农业学报》2008年第6期815-819,共5页Jiangsu Journal of Agricultural Sciences

基　　金：国家自然科学基金项目(30500341);江苏省农业科学院基金项目(6110664)

摘　　要：以苏云金芽孢杆菌库斯塔克亚种(Bacillus thuringiensissubspkurstaki)基因组DNA为模板,利用1对特异性引物通过Touchdown PCR方法扩增了长为2 576 bp的几丁质酶kchi基因序列(GenBank登录号:AY189740)。生物信息学分析发现:该序列包含1个完整的开放阅读框,编码688个氨基酸,推测是分子量约为75 820。等电点pI=5.89的几丁质酶前体。序列和结构比较分析结果表明:Kchi属于几丁质内切酶,包括几丁质酶催化区、粘蛋白Ⅲ型同源区和几丁质结合区3个结构域,在N端还有1个分泌信号肽。除与Bt巴基斯坦亚种几丁质酶同源性较低(相似性为61.3%)外,与Bt其他亚种的同源性都较高(≥92.0%)。Using a pair of specific primers, chitinase gene （kchi） was amplified by touchdown PCR from Bacillus thuringiensis subsp kurstaki genomie DNA, and then subcloned into pGEM-T easy vector. Bioinformatics analysis has shown that kchi sequence （GenBank accession number： AY189740） with a length of 2 670 bp contains an opening reading frame （ORF） and encodes 688 amino acids with Mr = 75.82 kDa and pI = 5.89. It was demonstrated that Kchi chitinase was endochitinase and contained a signal peptide and three functional domains： a ehitinase catalytic domain, a fibronectin type Ⅲ like domain, and a chitin-binding domain. The amino acid sequences of kchi gene shows high degree of identity （ ≥ 92. 0% ） to those of Bt chitinase except that of Bt subsp pakistani chitinase A71（61.3% similarity）.

关 键 词：苏云金芽孢杆菌 几丁质酶 生物信息学 

分 类 号：Q754[生物学—分子生物学]