基于大规模序列比对软件的并行优化方案  

Parallel Optimization Method Based on Large-scale Sequence Comparison Software

作　　者：郭新[1] 牛北方[2] 

机构地区：[1]北京城市学院计算机实验教学中心,北京100083 [2]中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心,北京100080

出　　处：《计算机工程》2009年第3期91-93,共3页Computer Engineering

基　　金：国家"863"计划基金资助项目"超级计算网格接点建设"(2002AA104540);中国科学院"十五"信息化建设基金资助项目"超级计算环境建设与应用"(INHOS-SCE)

摘　　要：基于基因电脑克隆软件SiClone和可变剪接分析软件AltSplice的并行优化工作,提出一种基于大规模序列比对软件的并行优化方案。该方案对所要进行比对分析的大规模序列库按某种策略进行分割部署,使机群中每个节点处理整个序列库的一部分,可有效减少磁盘I/O和节点间通信开销,适合低价高效的Linux机群系统。Based on the parallel optimization of gene computer clone software（SiClone） and alternative splicing analysis software（AltSplice）, this paper puts forward a parallel optimization method. It divides needed large-scale sequence database into many segments according to some strategy, therefore each node is responsible for a smaller portion of the database, which eliminates disk I/O and heavy communication demands and much more fits for low-cost and efficent Linux clusters architecture.

关 键 词：并行优化 EST序列库 分割部署 

分 类 号：TP311[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]