用多元逐步回归方法解析转录因子在基因表达调控中的作用  

Identification of the Cooperation Patterns among Transcription Factors in Gene Expression Regulation by the Multiple Stepwise Regression Analysis

作　　者：沙丹[1] 徐海燕[1] 牛钢[2] 费鹤良[1] 岳荣先[1] 费俭[3] 

机构地区：[1]上海师范大学数理信息学院应用数学系,上海200234 [2]中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所,上海200031 [3]同济大学生命科学与技术学院,上海200092

出　　处：《细胞生物学杂志》2009年第1期75-78,共4页Chinese Journal of Cell Biology

基　　金：上海市教育委员会科学项目(No.04DB25);国家重点基础研究发展规划(973计划)项目(No.2002CB713803)资助~~

摘　　要：反式作用因子之间的合作关系与顺式调控逻辑对完成基因的正确转录都起到了决定性的作用。本文提出了一种多元逐步回归方法,对反式作用因子之间的协作关系进行了表达探究,并将此方法用于鉴定人巨细胞病毒(hCMV)极早期基因增强字/启动子(MIEP)组织的三种转录因子NF-κB(p65)、AP1和CREB之间可能存在的功能合作关系。计算结果表明,所采用的方法对研究转录因子协作关系是切实可行的。The cooperative relations among transcription factors and the cis-regulatory logic are both fundamental in DNA transcription activation. To predict the functional cooperative relationship patterns among trans-cooperative factors existing in a gene expression regulation, we propose a new method, which is based on the multiple stepwise regression analysis, to identify cooperation among NF-kB （p65）, AP1, and CREB in transcription activation of human cytomegalovirus major IE1 promoter/enhancer （MIEP）. The computational results show that the method is effective and can be applied on understanding the transcription control systems.

关 键 词：转录因子 合作关系 多元回归模型 基因表达 

分 类 号：Q343[生物学—遗传学]