华支睾吸虫成虫CsRPEF基因的生物信息学分析  

Bioinformatics Analysis of CsRPEF Gene of Clonorchis sinensis

作　　者：范为[1] 詹苗[2] 张咏莉[2] 

机构地区：[1]广州医学院附属肿瘤医院,广州510095 [2]广东药学院基础学院,广州510224

出　　处：《热带医学杂志》2009年第2期168-170,共3页Journal of Tropical Medicine

基　　金：广东省重大科技专项资助项目(No.2004A30801004)

摘　　要：目的筛选华支睾吸虫的功能基因并进行相应的生物信息学分析。方法使用PCGENE软件、Antheprot-5软件、ExPASy在线分析工具、NCBI上的Blastx程序进行华支睾吸虫RNA聚合酶Ⅱ延长因子(CsRPEF)基因的生物信息学分析。结果获得了CsRPEF基因的序列特征,推测到了CsRPEF的同源蛋白并预测出CsRPEF编码蛋白的分子量、等电点、柔曲性、疏水性、功能性位点等二级结构特征。结论华支睾吸虫成虫CsRPEF基因是一新筛选的功能基因,CsRPEF蛋白是可能参与华支睾吸虫基因转录途径的重要因子。CsRPEF基因的生物信息学分析可为其进一步进行生物学功能的实验研究奠定基础。Objective To screen functional genes of Clonorchis sinensis and analyze the biological properties by bioinformatics method. Method PCGENE, Antheprot-5, ExPASy, and Blastx on NCBI were adopted for bioinformatics analysis of CsRPEF gene. Result The molecular mass, isoelectric point, average flexibility, hydrophobicity, functional site of CsRPEF （RNA polymerase Ⅱ elongation factor） protein and its homologous proteins were determined. Conclusion CsRPEF gene is a new screened functional gene. CsRPEF protein may be involved in the transcriptional process. These results are important for the study of biological function of CsRPEF gene.

关 键 词：华支睾吸虫 华支睾吸虫RNA聚合酶Ⅱ延长因子基因 生物信息学分析 

分 类 号：R383.2[医药卫生—医学寄生虫学]