基于强连通分量的^13C MFA计算模型稳定性判断  

Estimating Stability of ^13 C MFA Calculating Model Through the Concept of Strong Connected Component

作　　者：周宏[1] 郑浩然[1] 李毅[1] 李恒[1] 

机构地区：[1]中国科学技术大学计算机科学技术系,合肥230027

出　　处：《北京生物医学工程》2009年第1期34-38,共5页Beijing Biomedical Engineering

基　　金：国家重点基础研究发展计划（2006CB910700）资助

摘　　要：基于碳同位素标记实验的代谢通量分析，是代谢工程中一种强大的定量分析工具。^13C MFA在进行定量分析时，需要给定代谢网络及其对应的碳原子转移网络，同时为了保证计算的正确性和可靠性，要求所给定的碳原子转移网络中不能含有陷阱（trap）。本文基于有向图中强连通分量的概念，给出了trap的一种形式化定义，并利用一种基于深度优先搜索的图论算法，实现了对trap的自动检测。实验结果表明，该算法能够得到正确可靠的结果。Carbon-labeling experiment （CLE） -based metabolic flux analysis （^13C MFA） has become a powerful quantitative analysis tool in metabolic engineering. The metabolie network and corresponding carbon transition network should be provided before ^13C MFA analysis. In order to assure the accuracy and reliability of the computing results, the carbon transition network can not contain a trap. In this paper, using the concept of strong connected in directed graph, a formal definition of trap was provided. Meanwhile, we proposed an approach for automatic detecting of trap through a depth-first search based graph theory algorithm. Experimental results illustrated the validity and reliability of our method.

关 键 词：代谢流量分析 碳同位素标记实验 陷阱 有向图 强连通分量 

分 类 号：TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术]