随机文法模型在RNA二级结构预测中的应用  

The Application of Stochastic Grammars for RNA Secondary Structure Prediction

作　　者：唐四薪[1] 周勇[2] 易胤[3] 

机构地区：[1]衡阳师范学院计算机科学系,湖南衡阳421008 [2]衡阳师范学院数学系,湖南衡阳421008 [3]中南大学信息科学与工程学院,湖南长沙410083

出　　处：《生物数学学报》2008年第4期735-742,共8页Journal of Biomathematics

基　　金：国家自然科学基金资助项目(60371046);衡阳师范学院科研基金资助项目(2006B63)

摘　　要：RNA二级结构的研究是当今计算分子生物学的一个重要课题,基于比较序列分析方法的随机文法模型预测RNA二级结构具有准确率高,能对假结建模,但不易实施等特点,本文通过分析随机文法对RNA二级结构建模的过程,提出了一种综合利用比较序列方法,随机文法方法,词条方法预测RNA二级结构的方案.The problem of predicting RNA secondary structures is a hot topic in the current research field of computational molecular biology. Stochastic grammars based on comparative sequence analysis, as a method for predicting RNA secondary structure, have many distinguishing features such as higher precise, Pseudoknot modeling, but hard to implement. So this paper proposed a comprehensive method which employ comparative sequence analysis, stochastic grammars and words dividing method to predict RNA secondary structure.

关 键 词：随机文法 RNA 二级结构 比较序列分析 

分 类 号：TP301.2[自动化与计算机技术—计算机系统结构] Q71[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]