密码对的偏爱与基因组进化的相关性分析  

Analasys of the correlation of codon pairs bias and genome evolution

作　　者：王芳平[1] 李宏 刘国庆[1] 李瑞芳[1] 

机构地区：[1]内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特010021

出　　处：《生物信息学》2009年第2期150-154,158,共6页Chinese Journal of Bioinformatics

基　　金：国家自然科学基金(30660044);高等学校博士点基金(20050126003)资助项目

摘　　要：以5种真核1、5种细菌1、0种古菌生物基因组为样本,对密码对使用偏好性指标r与密码对随基因组进化的指标α之间作线性分析,发现部分密码对的r值与α之间有显著的线性关系;密码子第三位点与紧邻密码子第一位点的双碱基(cP3cA1)使用与基因组进化有关。结果进一步肯定了密码对的使用与基因组进化存在相关性,同时从密码对使用的角度揭示了真核生物、真细菌、古菌的基本差别。The linear regression between the adjusted residual values of eedon pairs and the shape parameterof the gamma distribution is analysed in ten archaea, fifteen bacteria and five eukaryotes genomes, it is found that two parameters have significant linear correlation for part of codon pairs, the third site nucleotide （cP3） and the first site nucleotide （cA1） within codun pair exert a key influence over codon pair bias. The results confirm that codon pair usage is correlated with the genome evolution, from the point of view of codon - pair usage, the data highlight fundamental differences between archaea and bacteria and eukaryotes.

关 键 词：密码对 基因组进化 线性回归 Γ(α β)分布 

分 类 号：Q61[生物学—生物物理学]