人肿瘤增殖细胞核抗原HLA—Ⅰ类分子限制性细胞毒性T淋巴细胞表位的多参数预测  

Multi-parameter prediction of HLA class I restricted cytotoxic T lymphocyte epitopes for human proliferating cell nuclear antigen

作　　者：宋文哲[1] 郑骏年[2] 郭萌[1] 徐为[1] 张宝福[2] 刘俊杰[2] 李望[2] 刘斌[1] 裴冬生[2] 

机构地区：[1]徐州医学院附属医院普通外科,江苏221002 [2]徐州医学院肿瘤生物治疗重点实验室

出　　处：《中华实验外科杂志》2009年第7期924-926,共3页Chinese Journal of Experimental Surgery

摘　　要：目的预测人增殖细胞核抗原（PCNA）的HLA—Ⅰ类分子限制性细胞毒T淋巴细胞（CTL）表位。方法使用基于矩阵法预测表位的BIMAS和SYFPEITHI数据库，以及基于蛋白体酶切割位点预测表位的PAProC数据库，对人肿瘤PCNA抗原的CTL表位综合评分。结果得到针对HLA-A0201的位于PCNA氨基酸序列228～236（SMSADVPLV，分值为447633．595）和22～30（LINEACWDI，分值为127966．779）位置的两个可能表位；针对HLA—A24的位于113～121（DYEMKLMDL，分值为563994．9）和143．151（EFARICRDL，分值为40540．7）的两个可能表位；针对HLA—A1101的位于72～80（LTSMSKILK，分值为1334．2680）和232～240（DVPLVVEYK，分值为736．9236）的两个可能表位。结论实验提供了肿瘤抗原表位的多参数预测方法，为应用PCNA肽表位制备肿瘤疫苗奠定了基础。Objective To predict the HLA class Ⅰ restricted cytotoxic T lymphocyte epitopes for human proliferating cell nuclear antigen （PCNA）. Methods By using 3 epitope prediction databases which including MHC binder （BIMAS and SYFPEITHI databases） and proteasome cutting site （PAProC databases）, the epitopes of PCNA were predicted by analyzing several parameters and methods. Results After comprehensive analysis,we have obtained two possible HLA-A0201 restricted CTL epitopes SMSAD- VPLV （228-236, score 447 633. 595） and LINEACWDI （22-28, score 127 966. 779 ） ; two HLA-A24 restricted CTL epitopes DYEMKLMDL （ 113-121, score 563 994.9 ） and EFARICRDL （ 143-151, score 40 540.7） ; two HLA-A1101 restricted CTL epitopes LTSMSKILK （72-80, score 1334. 2680） and DVPLV- VEYK （232-240, score 736.9236）. Conclusion The multi-parameter epitope prediction method is feasible for cytotoxic T lymphocyte epitope prediction.

关 键 词：增殖细胞核抗原 肿瘤疫苗 细胞毒T淋巴细胞 表位 

分 类 号：R392[医药卫生—免疫学]