北京鸭呼肠孤病毒σA、σB蛋白的二级结构及B细胞抗原表位的预测  

Secondary Structure and B Cell Epitopes Prediction of Protein σA and σB of Reovirus Strain DRV-GZ from Peking Ducks

作　　者：刘红[1,2] 樊惠英[1] 朱朝辉[1,2] 罗琼[1] 吴志新[1] 廖明[1] 

机构地区：[1]华南农业大学兽医学院,广东广州510642 [2]广东省农业科学院畜牧研究所,广东广州510642

出　　处：《华南农业大学学报》2009年第3期90-94,共5页Journal of South China Agricultural University

基　　金：广东省科技计划项目(2006A20301001);教育部新世纪优秀人才支持计划(NCET-06-0752);广东省动物防疫检疫专项经费(粤农[2006]264号)

摘　　要：应用SOPMA方法和DNAStar Protean软件综合分析了北京鸭呼肠孤病毒分离株DRV-GZ株的σA、σB蛋白的二级结构、亲水性、表面特性、柔韧性和抗原指数，并对各个蛋白的B细胞抗原表位进行了预测．结果表明，σA蛋白的32～37，56—61，82—85，107～116，128～141，202～207，239—246，256～260，274—280，312～317，381—391和σB蛋白的62～86，117～125，141～163，179～186，270—275，287～289，343～345区域内或附近最有可能是B细胞抗原表位的优势区域．The secondary structures, hydrophilicity, surface probability plot and antigenic index of protein σA and σB of reovirus strain DRV-GZ from Peking ducks were predicted by the software of SOPMA and DNAStar Protean. Combining the results, the predominant B cell epitopes for σA and σB protein were predicted. The results showed that B cell epitopes of era exist at the sites of 32-37, 56-61, 82-85, 107- 116,128-141,202-207,239-246,256-260,274-280,312-317,381-391 ; B cell epitopes of orb exist at the sites of 62-86, 117-123, 141-163, 179-186, 270-275, 287-289, 343-345.

关 键 词：北京鸭呼肠孤病毒 σA蛋白 σB蛋白 B细胞表位 

分 类 号：S858.32[农业科学—临床兽医学]