大熊猫9个BAC的测序、注释和进化分析  

作　　者：郑杨[1,2,3] 蔡晶[4] 李建文 李波[1] 林润茂 田凤 王晓玲 王俊 

机构地区：[1]中国科学院北京基因组研究所,北京100029 [2]中国科学院研究生院,北京100049 [3]深圳华大基因研究院,深圳518083 [4]中国科学院昆明动物研究所,中德马普进化基因组学小组,遗传资源与进化国家重点实验室,昆明650223 [5]Department of Biology, University of Copenhagen, Copenhagen DK-2200, Denmark [6]华南理丁大学生物科学与工程学院,广州510006

出　　处：《中国科学（C辑）》2009年第10期933-939,共7页Science in China(Series C)

摘　　要：本文构建了相当于大熊猫10倍基因组覆盖度的BAC文库,并随机挑选了其中9个BAC进行测序和组装,9个BAC的选择满足更多基因更少重复序列的原则.这9个BAC的组装将为评估基于新一代IlluminaGA测序技术的大熊猫全基因组测序及组装的准确性提供有效资源.运用同源比对和从头预测的方法,对9个BAC,共约878kb的序列进行了基因和重复序列的注释以及进化分析.一共预测到12个蛋白编码基因,其中,7个基因匹配到同源基因的功能注释.这7个基因平均大小约41kb,编码区平均大小约1.2kb,每个基因平均约含6个外显子.同时预测到7个tRNA基因.大约27%的序列被注释为重复序列.同时,基于邻接法,构建了包含人、小鼠、狗、猫以及大熊猫5个物种的物种进化树,结果显示狗的基因与其他4个物种相比距大熊猫最近.本实验结果提供了大熊猫9个BAC的详细序列及注释信息,为对大熊猫的研究提供了数据资源.

关 键 词：大熊猫 BAC文库 Sanger测序 组装 注释 进化 

分 类 号：Q953[生物学—动物学]