基于皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)EST数据库的串联重复序列特征分析  

Bioinformatic date mining of EST-tandem repeats of the Haliotis discus hannai

作　　者：袁泽轶[1,2] 张琳琳[1,2] 张国范[1] 

机构地区：[1]中国科学院海洋研究所,山东青岛266071 [2]中国科学院研究生院,北京100039

出　　处：《海洋通报》2010年第1期59-64,共6页Marine Science Bulletin

基　　金：国家重点基础研究发展计划资助(973计划项目;2010CB126401);国家公益性行业(农业)科研专项资助(nyhyzx07-047)

摘　　要：皱纹盘鲍大规模EST的分析研究较少,为了研究其基因组转录本的基本特征并为皱纹盘鲍中开发EST-SSR功能性标记奠定基础,我们利用生物信息学手段对NCBI公共数据库中的5784条皱纹盘鲍EST序列进行EST-SSR特征分析。分析结果表明:(1)皱纹盘鲍EST中串联重复序列类型丰富;(2)皱纹盘鲍EST Gene Ontology注释序列SSR类型单一;(3)皱纹盘鲍EST-SSR分布广泛富,是EST-SSR标记开发的优良资源。Large scale analysis of EST in the Haliotis discus hannai is underdeveloped. In order to understand the preliminary characteristics of transcripts and provide resources for the SSR marker study in the Haliotis discus hannai, we have an analysis of tandem repeats based on 5 784 ESTs downloaded from NCBI. The major results are as follows： 1） Types of tandem repeats are rich in the EST of the Haliotis discus hannai; 2） Sequences annotated by Gene Ontology have few types of SSR; 3） ESTs have a wide distribution, which is helpful to SSR marker study.

关 键 词：皱纹盘鲍 EST 串联重复序列 SSR 

分 类 号：Q954[生物学—动物学]