遗传算法和单体型组装加权最小字符翻转问题  

Genetic algorithm and haplotype assembly problem Weighted Minimum Letter Flips

作　　者：姚雄武[1] 郑金华[1] 李晶[1] 文诗华[1] 

机构地区：[1]湘潭大学信息工程学院,湖南湘潭411105

出　　处：《计算机工程与应用》2010年第8期217-220,共4页Computer Engineering and Applications

基　　金：国家自然科学基金Grant No.60773047;湖南省教育厅重点科研项目rant No.06A074~~

摘　　要：单体型组装加权最小字符翻转(WMLF)问题指定个体联配的加权DNA片断数据,翻转权值和最小的SNP位点以推测出该个体的一对单体型。该问题是NP-难的,至今尚无实用的搜索寻优算法。根据DNA测序片段数据的特点提出了一种遗传算法。对于实际的生物实验数据,即使数据很大,该算法也可以在较短的时间得到WMLF问题的满意解,具有良好的可扩展性和较高的实用价值。Given a set of weighted aligned DNA fragments of an individual,the haplotype assembly problem Weighted Minimum Letter Flips （WMLF） is to infer a pair of haplotypes of the individual by flipping some SNPs with the sum of weights of the flipped SNPs minimized.WMLF is NP-hard,and there is no practical algorithm to search optimal solution for the problem.Based on the characters of DNA fragments,this paper introduces a genetic algorithm.For the practical fragment data,the algorithm can solve the WMLF problem efficiently even if the data are larger,and it is scalable and applicable in practice.

关 键 词：生物信息学 单体型检测 遗传算法 单核苷酸多态性 

分 类 号：TP18[自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]