Unix下EST数据库本地化更新及序列预处理分析  

Localization,updating and sequence preprocessing of EST database under unix environment

作　　者：宋东光[1] 张辉松[1] 黄林旋[1] 刘尊良[1] 

机构地区：[1]佛山科学技术学院园艺系,广东佛山528000

出　　处：《生物信息学》2010年第1期52-56,共5页Chinese Journal of Bioinformatics

摘　　要：利用FreeBSD操作系统的文本过滤命令将NCBI的Genbank数据库的EST序列实现本地化导入到MySQL数据库中并能够进行更新,这利于对不同物种不同组织器官基因表达的分析。以水稻EST数据为例,对EST序列两端出现的polyA/T和载体序列亦进行了鉴别及去除,经过预处理的EST序列数据将为进一步进行EST聚类及基因表达分析提供可靠的保证。EST sequences in Genbank of NCBI were stored locally in MySQL database extracted by FreeBSD text filtering commands,which can be updated from NCBI and will be useful for analysing EST like in different tissues from a special species.Rice EST were analysed by identifying and removal of polyA/T and sequences of cloning vectors in flanking regions of EST,which will provide better guarantee for further EST clustering and gene expression analysis.

关 键 词：EST MYSQL数据库 更新 预处理分析 

分 类 号：TP392[自动化与计算机技术—计算机应用技术] Q343.1[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]