乙型肝炎病毒基因分型的标签序列研究  

Identification of HBV genotype-specific tag sequences

作　　者：蔡颖[1] 李学成[1] 吴小梅[1] 王宁[2] 曹红卫[2] 卫国[2] 赵苛岑[2] 郑凯[2] 郑江[2] 李彦[2] 

机构地区：[1]解放军第三二四医院感染科,重庆400020 [2]第三军医大学西南医院中心实验室,400038

出　　处：《中华肝脏病杂志》2010年第2期101-104,共4页Chinese Journal of Hepatology

基　　金：志谢 本课题受解放军第三二四医院院管课题部分资助

摘　　要：目的快速、准确地鉴定HBV基因型，寻找基因型间特异性的序列标签。方法通过生物信息学手段，比对分析美国国立生物技术信息中心数据库中930条各型HBV基因组序列的大S区域，选择型间具有高度特异性的序列片段作为分型标签序列，以此设计引物，通过PCR实验对重庆地区的80例临床HBV阳性血清样本进行分型观察。结果HBV基因组大S区的149～169nt和461～483nt两段区域含有多个保守的型间差异位点；在8种基因型标签对构成的28种型组合中，27种组合的碱基总差异数均≥6；PCR实验和电泳结果证实，来自该两区段的序列标签引物能够获得特异性的产物，有效鉴定出HBV基因型。结论HBV基因大S区的149～169nt和461～483nt两段序列可作为HBV基因型分型标签序列，用作引物探针设计或测序标签。Objective To indentify the HBV genotype-specific tag sequence. Methods The large S region sequences from 930 HBV genomes were aligned to identify the genotype-specific tag sequences. PCR was used to check the genotyping effect of these tags. Results Two tag sequences, sequence between 149-169 and sequence between 461-483, were identified in the large S region. Using primers specific to these tag sequences, the genotype of HBV can be specifically identified. Conclusion These tag sequences can be used for HBV genotyping.

关 键 词：肝炎病毒 乙型 基因型 标签序列 

分 类 号：R51[医药卫生—内科学]