应用离散增量方法识别人类MicroRNAs前体序列  

Identification of Human MicroRNAs Precursor Sequences by ID Methods

作　　者：高智红[1] 张利绒[1] 罗辽复[1] 

机构地区：[1]内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特010021

出　　处：《内蒙古大学学报（自然科学版）》2010年第6期673-677,共5页Journal of Inner Mongolia University：Natural Science Edition

基　　金：国家自然科学基金资助项目(No.60963015和No.90403010);内蒙自然科学基金资助项目(No.2009BS0102)

摘　　要：MicroRNAs(miRNAs)是一类约为21-26个碱基长度的非编码单链RNA.根据Mi-croRNAs前体序列(pre-miRNAs)的碱基保守特征和二级结构特征,应用多样性增量方法(ID方法)和支持向量机(SVM)分析,以内含子区(intron)、外显子区(exon)、基因间区(intergenic)三类序列分别作为负集,对人类的pre-miRNAs进行分析和预测.当以intergenic区和intron区序列为训练负集时,其以二级结构三联体、四联体和五联体(3-mer、4-mer、5-mer)为特征参量的敏感性、特异性、整体精度都在89%以上,相关系数在0.7以上.MicroRNAs （miRNAs） are a class of non-coding single-stranded RNAs about 21-26 bp. Based on the conservation and secondary structural characteristic of miRNAs precursor sequences （pre-miRNAs） ,the method of increment of diversity （ID methods） and support vector machine （SVM） are applied to analyse and classify the human pre-miRNAs. Using the characteristic parameters of the numbers of 3-mer,4-mer, 5-met, miRNAs precursor sequences are identified from negative sequences that have the stem-loop structure, separately in intron, exon and intergenie regions. The sensitivity, overall accuracy and specificity are more than 89 %. The correlation coefficient is above 0.7.

关 键 词：pre-miRNAs 离散增量 二级结构特征 

分 类 号：Q61[生物学—生物物理学]