奶牛CRP基因SNP的生物信息学分析  

Bioinformatic analysis of dairy CRP gene SNP

作　　者：夏志[1] 刘小林[1] 郭家中[1] 徐阿娟[1] 

机构地区：[1]西北农林科技大学动物科技学院陕西省农业分子生物学重点实验室,杨凌712100

出　　处：《生物信息学》2011年第1期10-15,共6页Chinese Journal of Bioinformatics

基　　金：国家十一五"863"面上项目(2008AA10Z144);"十一五"国家科技支撑计划的项目(2006BAD04A11);陕西省"13115"科技创新工程项目(2008ZDKG-11);西安市科技计划项目(NC09049-2)

摘　　要：利用PCR-SSCP方法检测了CRP基因在中国荷斯坦奶牛群体中的单核苷酸多态性,并用各种网络分析软件分析了单核苷酸改变对其功能的影响。结果表明:CRP基因在P1引物扩增片段中存在PCR-SSCP多态性并引起编码氨基酸的改变。经测序分析可知,位于P1引物扩增片段内存在G→T突变,该突变位点使编码的氨基酸发生Q→H的改变。对引起编码氨基酸的P1位点进一步进行生物信息学分析发现,由于编码的改变引起新的转录结合们点vaccinia-term-s的产生,但没有引起其它CRP二三级结构的变化。这一分析结果可为奶牛CRP基因突变所产生的性状功能的改变提供分子水平的解释。Use PCR-SSCP to detect SNP of CRP gene in Chinese Holstein dairy cattle population,and analyze the influence of single nucleotide change by network software.The results showed： there is SNP（ G → T mutation）,the mutation make amino acids Q → H change.Through bioinformatics analysis we found that the change leads to a new combination point of transcription,which called vaccinia-term-s.But the mutation did not cause other changes.This result can provide,to some extent,an explanation on the relationship between CRP gene mutation and the function change.

关 键 词：C反应蛋白基因 单核苷酸多态 奶牛 SSCP 

分 类 号：Q38[生物学—遗传学]