消息传递接口在分子动力学模拟中的应用  

The application of MPI on molecular dynamics simulation

作　　者：刘思源[1] 刘国松[2] 姜义[2] 

机构地区：[1]集安市水利局,集安134200 [2]长春工程学院,长春130012

出　　处：《长春工程学院学报（自然科学版）》2010年第4期104-106,共3页Journal of Changchun Institute of Technology：Natural Sciences Edition

摘　　要：廉价高性能的PC机为组建具有优异性能、适宜于承担大任务的集群系统提供了良好的资源保障。将消息传递接口应用于分子动力学模拟过程,给出了完整的模拟方案和任务拆解方法,成功搭建了PC集群系统,讨论了并行效率,并与单机多核下的多线程/进程方案进行了对比。Advanced personal computers with low price make it possible to establish best clusters for extreme numerical computing.This paper presents the application of message passing interface（MPI） on molecular dynamics simulations.A detailed scheme of simulation and the splitting task are introduced.The PC clusters have been established successfully.The parallel efficiency is discussed and compared with multithread/process paralleling under the single and multi-core.

关 键 词：MPI 并行 数值计算 分子动力学 

分 类 号：TP311[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]