引物应用策略：基于2对古菌16S rRNA基因通用引物对环境样品古菌多样性分析  

A series of excellent strategy to analyze environmental sample archaeal diversity

作　　者：刘国辉[1,3] 吴后波[2] 李翔[2] 颜文[1] 

机构地区：[1]中国科学院边缘海地质重点实验室,中国科学院南海海洋研究所,广州510301 [2]中国科学院南海海洋研究所海洋生物资源可持续利用重点实验室,广州510301 [3]中国科学院研究生院,北京100049

出　　处：《微生物学报》2011年第4期524-531,共8页Acta Microbiologica Sinica

基　　金：中国科学院知识创新工程重要方向项目(KZCX2-YW-211-03,KZCX2-YW-GJ03);中国科学院南海海洋研究所创新领域前沿项目(lyqy200312)~~

摘　　要：【目的】找到适宜的16S rRNA基因通用引物应用策略,应对复杂环境微生物多样性调查,尤其目前高速发展的高通量测序技术带来的巨大挑战。【方法】用Oligocheck软件分别将两对应试的古菌16S rRNA基因通用引物与RDP(Ribosomal database project)数据库中古菌16S rRNA基因序列进行匹配比对。用两对应试引物分别构建海洋沉积物样品的古菌16S rRNA基因文库。【结果】软件匹配结果显示引物f109/r958与目的基因的匹配程度高于引物f21/r958。该结果与古菌16S rRNA基因文库RFLP分析、古菌多样性指数分析结果相吻合。数据还表明,2对引物的综合文库能更好满足该沉积物样品的古菌多样性分析。【结论】选用与数据库中目的基因匹配性高的通用引物和多个引物的联合使用,可以有效提高环境样品微生物多样性调查的分辨率。[Obiective]Finding a series of archaeal 16S rRNA gene universal primer applied strategies to detect complex microbial diversity in environmental samples,especially with rapidly development of next generation sequencing technology challenge.[Methods]We used Oligocheck soft to simulate two pairs of archaeal 16S rRNA gene universal primers with RDP（Ribosomal database project） database 16S rRNA gene sequences matching percentage.In succession,the sediment sample was constructed for two clone libraries by using two pairs of archaeal 16S rRNA gene universal primers.[Results] The soft simulation matched percentage result suggests that primer f109 /r958 is better than primer f21 /r958.This result is consistent with RFLP and diversity index analyses by two clone libraries.[Conclusion] Multi-primers and properly primer are used to recovery environmental microbiology diversity,which will be advanced in environmental microbial resolution.

关 键 词：古菌 古菌通用引物 16S RRNA基因 环境样品 多样性分析 

分 类 号：Q933[生物学—微生物学]